中非共和国
中非共和国多年来处于医疗危机之中，部分地区死亡率高达紧急门槛的5倍，无国界医生一直在该国工作，对抗危机。然而，叛军塞雷卡于3月发动政变后，暴力冲突加剧，导致一场大型的紧急人道危机。尽管国际部队已进驻首都，但每天仍有冲突、袭击、私刑及报复事件发生。据估计，截至2013年底，已有超过70万中非共和国人流离失所，另外75万人逃难到邻国。
无国界医生为伤者和流离失所者，提供包括紧急手术的免费医疗护理，并设立流动诊所和支持公立医疗设施。医疗队不时医治疟疾、呼吸道和皮肤感染、腹泻和营养不良病人，同时确保流离失所者获得清洁饮用水及较佳的卫生环境。
无国界医生亦多次呼吁中止对平民、医疗设施内的病人和医护人员的暴力袭击，并促请联合国和其他救援组织增加援助，响应该国庞大的需要。
截至12月，无国界医生有超过250名国际救援人员及2,500名中非共和国员工，在7间医院、两间医疗中心及40个医疗站，向约60万人提供免费医疗护理。
布隆迪
2013年，位于加比施医院的产科急症中心每月平均为250名妇女，提供免费和高质量的急诊和外科产科服务，令产妇死亡率降低74%。医疗队培训布隆迪医护人员，并已把项目移交当地卫生部。
一支无国界医生队伍继续在基特加的奥梅利医疗中心提供产科瘘管病治疗。瘘管病由妊娠并发症导致，不但带来痛苦，而且会导致失禁，病人往往因此遭社会歧视，甚至亲友排斥。奥梅利中心的护理服务包括外科、物理治疗及社交支持。
乍得
疟疾是5岁以下儿童的主要死因之一。无国界医生在乍得的不同地区专注于预防和诊治疟疾的工作。在芒杜尔区，无国界医生透过分发抗疟疾药物作为预防策略，令录得的疟疾个案整体减少了60%。
乍得的常规疫苗接种覆盖率低，令儿童特别容易感染一系列传染病。有见及此，无国界医生参与接种近44万剂麻疹疫苗，以及预防黄热病和脑膜炎的疫苗接种计划。此外，无国界医生亦向因苏丹和中非共和国冲突而逃难至乍得的难民提供援助。
刚果民主共和国
过去数十年的冲突、医疗系统缺乏投资和持续的暴力事件，令刚果民主共和国的人民陷入极度困境之中。无国界医生在该国继续大规模的医疗工作，尤其是在局势动荡的东部省份。医疗队分别在北基伍省、南基伍省、加丹加省和东部省，向受冲突，以及疟疾、麻疹、狂犬病和霍乱爆发影响的人士，提供医疗援助。单是在南基伍省，队伍便完成了56.5万次门诊诊症。
队伍的医疗工作涵盖不同的紧急需要，包括外科、预防及治疗传染病、母婴健康和支持性暴力受害者。
2013年，麻疹疫情持续扩散，部分医疗区录得的个案繁多，无国界医生展开紧急疫苗接种项目，为超过120万名年龄介乎6个月至15岁的儿童接种疫苗。
埃及
在开罗市郊的阿布埃利安诊所，无国界医生向母亲及5岁以下儿童提供医疗护理。诊所7成病人是患上呼吸道感染、肠道寄生虫、皮肤病和腹泻的幼童。诊所亦为孕妇提供24小时紧急转介服务，由无国界医生安排交通和提供住院费用。
组织亦在开罗培训了一批义务工作的埃及医生（包括埃及卫生部人员），让他们能在示威期间迅速及有效地应对现场的医疗需要。培训内容包括如何处理大批伤者。
利比亚
利比亚的医疗系统正逐渐从2011年的冲突中恢复过来，但暴力对于很多人的精神健康仍然带来长远影响。2012年，当地严重创伤后压力症的患病率估计为12.4%，严重抑郁症的患病率更达19.8%。
无国界医生于2013年8月在首都的黎波里开设一所精神健康中心，治疗暴力受害者，包括身体或心理受创的病人、性暴力受害者，以及冲突伤者。队伍亦培训来自卫生部的医生，并设立了转介系统，把来自基本医疗中心，以及利比亚和国际非政府组织的病人，转介到中心就医。
津巴布韦
虽然津巴布韦的医疗系统有明显改善，但是艾滋病及结核病（包括耐多药结核病）的护理服务仍有所不足，儿童及青少年的需要尤其被忽略。2013年，无国界医生在全国多处支持艾滋病和结核病项目，并致力使用现代科技，包括每年例行监测病毒载量，以及采用全新的诊断技术。
无国界医生一支精神健康专家队伍继续在10座监狱，包括哈拉雷的高度设防监狱，为犯人提供精神病支持，透过个人及小组辅导治疗了1,880名病人。此外，医疗队亦在哈拉雷市郊为性暴力受害者，提供免费医疗和辅导，以及心理社交和法律支持服务的转介服务。
南苏丹
2013年，南苏丹的暴力事件升级令紧急医疗需要增加。政府和民兵组织在5月在琼莱省爆发冲突期间，无国界医生在皮博尔县的医院被抢掠及严重破坏。冲突迫使人们逃进丛林或疟疾肆虐的沼泽，无法获得清洁饮用水或食物。由于无国界医生的医院是该县唯一的医院，约10万人因此严重缺乏医疗护理。
在6个月的紧急状况期间，无国界医生在古穆鲁克及杜赖恩设有两间诊所及一个外科部门，并在皮博尔县进行了超过26,500次诊症。
在12月，不同武装派系在朱巴爆发冲突，暴力迅速蔓延至其他几个州份，导致人民流徙。无国界医生正奋力应对新一轮冲突带来的庞大紧急需要。
在全国不同地方，无国界医生队伍继续在诊所和医院，提供一系列服务，包括手术、母婴健康、疫苗接种、紧急妇产科护理，以及营养不良、黑热病、艾滋病和结核病的治疗，并对抗疾病爆发。
