索马里人民一直在极少甚至没有任何基本医疗服务的恶劣环境下挣扎求存。于二零零八年，该国人民经历了过去十年最严重的暴力冲突，在中部和南部地区的人民，可说是处于人道情况不断恶化的困境下。虽然该国医疗制度崩溃以致数据难以核实，但该国一些卫生指标仍是位列最球最差──每十名妇女，便有一人分娩期间死亡，每五名儿童，有超过一人于五岁生日前死亡。战事对儿童营养不良问题带来的影响，在粮食价格飙升和该国旱季延长之下，更是雪上加霜。

索马里过渡政府军在获国际支持的埃塞俄比亚军队支持下，与叛乱组织于二零零六年十二月爆发战事。据联合国估计，约一百万名索马里人逃离家园。在首都摩加迪沙其中一个人口最密集的居住地区，战事升级，导致大批伤者，以及数以千计人民流离失所。在摩加迪沙，无国界医生于今年一月至十一月底，医治了近二千三百名被迫击炮弹和子弹所伤的病人，突显了数以十万计人活在战火里的不争事实。在加勒卡约（Galcayo）这个较首都局势相对稳定的城市的北面，无国界医生一支队于二零零八年里，仍然医治了超过五百名战事中的受害者。

在摩加迪沙前往阿夫戈耶（Afgooye）的一条道路上，都是逃避战乱的人在逃亡，亦有超过二十五万名流离失所者在恶劣的环境下栖身。自今年一月，无国界医生的工作队医治了超过九千五百名营养不良的儿童。当地人民大多只能依靠间歇地供应的粮食援助，而逃难的家庭都缺乏栖身之所、粮食和医疗护理。

索马里人都冒着极大危险逃离该国，大部分人前往南面的肯尼亚。据联合国难民署的资料，目前在肯尼亚三个难民营里便有二十万名索马里人，最近再增多了三万五千人。至于那些未能在肯尼亚寻求庇护的，则选择往北走，冒着生命危险登上偷运人蛇的船只，横渡亚丁湾前往也门。根据联合国的数字显示，超过四万三千五百人于二零零八年尝试前往也门，当中大部分是索马里人，也有逃避饥饿和迫害的埃塞俄比亚人。据这些逃往也门的人表示，通常超过一百人会被迫挤在一只只可容纳三、四十人的小船里，很多人会在途中被焗至窒息，亦有人在到达彼岸前便被抛进大海而溺毙。自今年初，无国界医生工作队在也门南部已医治了超过八千人。

人道情况恶劣的同时，该国亦发生多宗针对性袭击，包括针对救援人员的行刺和绑架，令到索马里这个有极大人道援助需要的国家，变成几乎无法进行援助的地方。今年初，无国界医生三名工作人员在南部城镇基思马尤的路边炸弹袭击中被杀后，组织被迫撤离在当地的九十七名国际救援人员。两名救援人员在索马里邦特兰自治区的博沙索被绑架、并其后获释一事，亦令无国界医生被迫结束在该市的医疗和营养治疗项目。今年八月，基于战事升级和对病人及员工的安全考虑，无国界医生亦停止在摩加迪沙的禾迪里/ 浩丹（Wardigley/Hodan）地区的其中一间诊所。

无国界医生目前并无国际救援人员长驻在索马里境内，有赖索马里籍员工的努力，人道救援工作得以在当地继续进行。于二零零八年，无国界医生继续在该国的九个地区中，提供基本医疗护理、营养不良治疗和医疗护理，并为流离失所者提供支持，包括手术、食水和救援物资供应。