无国界医生因二零零四年六月，五名救援人员在阿富汗巴德吉斯省（Badghis）被杀而撤离当地五年后，于二零零九年十月重返阿富汗工作。无国界医生决定重返，乃因阿富汗再次陷入战争，导致整体医疗系统恶化。阿富汗人民多年来被困于贫穷中，而且缺乏医疗护理，二级医疗护理尤其欠缺。另外，由于当地局势愈趋不稳及冲突不断，有医疗需要的居民往往要途经极为危险的地区，到数百里外的医疗设施求医，有时甚至要走到阿富汗境外。

无国界医生目正在赫尔曼德省（Helmand）省会拉什卡尔加（Lashkargah）的布斯医院（Boost hospital）及喀布尔（Kabul）东部的艾哈迈沙巴巴地区医院（Ahmed Shah Baba district hospital）工作。无国界医生为这两所医院提供药物和医疗物资，并安排国际和当地员工与医院原有的员工一同工作，确保提供具质素和免费的医疗护理。

为了确保医院是为病人提供治疗的安全地方，无国界医生必须与各个派系达成协议，保证医院的安全环境。两所医院均严格实施「不可携带武器」的规定。因此，很多病人都表示他们在医院感到更安全。

喀布尔东部的艾哈迈沙巴巴地区医院︰
艾哈迈沙巴巴，或称作阿赞基玛（Arzan Qimat，达利语，意即贫穷之地）是一片位于喀布尔东部外围、散乱无规划的市区聚居地，有约二十至三十万名居民。喀布尔的整体人口在过去十年急剧增加，由约一百万人增加至目前的三至五百万人。

人口增加与不稳局势及居民因经济原因而前往首都是息息相关的。近年，有大量从巴基斯坦和伊朗的阿富汗难民营回流的流离失所者，以及经济移民，都在艾哈迈沙巴巴定居下来。尽管喀布尔仍然是相对稳定的城市，但无国界医生认为艾哈迈沙巴巴的居民，正是脆弱的一群，他们都被只重视援助首都以外地区的国际捐助机构所忽略。

该医院在过去一年有着很大的改变。无国界医生的国际及当地医生、助产士和护士，都住在医院附近，他们与该医院的医护人员一同工作，改善医院的护理质素。他们先装修医院大楼，然后再改善妇产科、急症室、化验室及X光部门的设施。

最近，工作队设置了一间手术室和小型的住院部，并于十月底进行第一台外科手术。这意味着一些基本但救命的手术，如剖腹生产，将可以在该区进行，而不用转介到相距一小时车程的喀布尔中央医院。

于二零一零年十月，工作队进行一万五千次诊症（二零零九年十月只有五千五百次诊症），当中包括一千二百宗急症。刚启用的伤口包扎室亦已经进行约三百次包扎。产房进行三百三十次分娩、六百次产前检查及三百次家庭计划辅导。一个全新的门诊部将于短期内启用，剩余的空间则会用来扩建住院部。

赫尔曼德省拉什卡尔加的布斯医院︰
于二零零九年十一月，无国界医生亦开始在赫尔曼德省省会拉什卡尔加的布斯医院工作。该地区有约一百万名居民最受持续的冲突所影响。

阿富汗南部只有两所转介医院可以运作，布斯医院是其中之一，另一所则位于邻近的坎大哈省（Kandahar），由国际红十字会支持。布斯医院以往每月为约一百二十至一百六十名病人提供服务，目前每月为约一千二百名病人提供治疗。该医院有一百四十五张病床，包括妇产科、儿科、外科、深切治疗部、住院服务、隔离病房及急症室。无国界医生亦有参与其它设施的重修，订定消毒和卫生的工作守则，以及为住院病人及其家属提供每日两餐膳食。

于二零一零年十月，妇产部有约二百四十宗分娩个案，原因之一是处理剖腹生产及难产个案的能力都已提升。妇产部亦自二零零九年十一月开始，提供产前护理、产后护理及家庭计划辅导。于十月份，共提供二百次产前护理、三十次产后护理及约一百次家庭计划辅导。

自二零一零年一月，外科手术个案（包括剖腹生产）数目增加近一倍。于二零一零年十月，共进行了一百三十台外科手术及二十台剖腹生产。

占病人总数百分之二十五至三十的儿科病房，最近的病床使用率达百分之一百五十，这代表着部分病床需要设置在通风的走廊，病人的私隐受到一定影响。儿科病房于二零一零年九月扩建完成，新增十六张病床，使包括一般儿科部、营养治疗中心及一个新的深切治疗部的儿科部门增至三十张病床。于二零一零年十月，共治疗了二百五十宗儿科个案，当中包括四十个初生婴儿。

急症室服务亦有所提升，由于暴力创伤和因战事而受伤的个案持续增加，急症室目前有一名医生和护士提供二十四小时服务，负责稳定病人情况，然后病人会被转介到其它部门接受专科护理。自急症室于二零一零年五月开启用后，约二万名病人接受了治疗，当中百分之十为严重个案。仅是十月份，就有四千二百五十一宗个案。

无国界医生在阿富汗的工作完全依靠公众捐款，不接受任何政府的资助。于二零一一年，无国界医生将会扩展其工作到其它受冲突所影响的省份。