二零零八年，在巴基斯坦的西北边境省（North West Frontier Province）及联邦行政部落区（Federally Administered Tribal Areas），巴基斯坦政府与反政府的激进分子的冲突加剧。美军进行空袭令当地的情况更不稳。今年八月，数以千计的巴基斯坦人，因安全问题而被迫在国内流徙或逃亡到邻国阿富汗。同时，巴基斯坦军队亦开始驱逐阿富汗难民，指与反政府军队有联系，驱逐情况在巴焦尔特区（Bajaur Agency）为甚。

在巴焦尔特区、史瓦特（Swat）及莫赫曼德地区（Mohmand），今年有数以百计的居民因自杀式炸弹袭击、空袭及枪战而受伤或被杀，数以千计的居民不断被迫离开家园。无国界医生为数以千计的居民提供生活所需物资，包括毛毯、地垫、帐篷、卫生用品及粮食。无国界医生调整原为当地为流离失所者而设的基本医疗项目，为不断增加的暴力受害者治理伤势和协助转介病人，并为因饮用不洁食水而患上腹泻的居民提供治疗。
 
当地的诊所因担心受袭而关闭，无国界医生遂与当地的医疗机构合作开设流动诊所，并提供易于识别的救护车服务，将病人安全送到医院。军方经常实施宵禁，无国界医生的救护车是唯一获准在宵禁期间行驶的车辆，于五个月内接载了七百名病人，主要为临盆孕妇及暴力受害者。

于十月，暴力冲突令数以十万计的居民，在短短数天全部逃到邻近地区。大量居民为了逃避空袭及炸弹袭击，逃到隐蔽的房屋、清真寺、学校及临时营地。由于营地内爆发腹泻，无国界医生向居民提供清洁的食水及卫生设备，而当地医疗机构则提供基本医疗服务。

在古勒姆特区（Kurram Agency），因派别间的暴力冲突，以及受到外来武装组织袭击而令局势不稳，救援工作亦愈趋困难。无国界医生主要为当地居民提供母婴健康服务，包括紧急妇产科手术及初生婴儿健康服务。由于局势不安全，只有病情严重的病人才会冒险出外求医。

无国界医生员工的安全问题亦日益严重。人道救援组织员工在当地受到到袭击的情况令人关注。无国界医生的救护车曾遭到袭击，队伍亦不时要躲避袭击。

在俾路支省（Balochistan），无国界医生在圭达（Quetta）附近，为阿富汗难民提供母婴健康服务。在边境城镇杰曼（Chaman），医疗机构为当地居民提供服务时遇到困难，无国界医生亦提供协助，包括为当地居民及来自阿富汗的病人提供生育健康服务，包括紧急妇产科手术、初生婴儿及营养健康服务。

俾路支省的东部拥有丰富的天然气资源，但缺乏医疗设备，当地的冲突亦已经持续了三十年。无国界医生在加法拉巴德（Jafarabad）东部及马希拉巴德（Nasirabad）开展儿童营养治疗紧急项目，在三个月里治疗了超过一千名营养不良的儿童。除了武装冲突，俾路支省西北部的山区于十月二十九日发生六点四级地震。大部分由泥土搭建的房屋都受到破坏，当地居民因家园被毁或担心余震而被迫于寒冷天气下露宿。官方公布约有三百人死亡，三万五千人受伤及四万人无家可归。无国界医生除了为灾民提供紧急医疗服务及救援物资，亦为受影响的社群提供精神健康治疗。