今年多个受脑膜炎影响的国家之中，南苏丹的疫情最为严重。无国界医生派出的几支医疗队，正在南苏丹为一些感染了这种致命流行病的病人，提供治疗，并在区内多个州份，为其他高危人士注射疫苗。更甚的是，霍乱正在当地广泛地区迅速蔓延。

在非洲「脑膜炎地带」横跨的所有国家之上，南苏丹及布基纳法索，是自今次疫症爆发以来，最受严重影响的两个国家。据世界卫生组织的数字显示，目前已录得约七千个脑膜炎病例及四百三十个死亡个案。

是次脑膜炎疫症早在一月开始爆发，并逐步蔓延至南苏丹十个州份的其中八个。由於这地区的人口数字被大幅高估，要策划疫苗注射计划，极为复杂。

「国际合作组织」ICG（一个流行病的应变组织，无国界医生亦为其成员之一）批出了一百一十万剂疫苗，并正在数个州份为针对人口（即所有两岁到三十岁人士）注射疫苗。到目前为止，无国界医生已为近四十万人注射，在未来数周内会再为三十八万人注射。

无国界医生的医疗队，随著确疹个案多寡而迁移，并按照无国界医生本身的评估，断定哪些地区要最优先处理。

要为一万人注射，必须配备以下物资：一个冰箱，五个等溫容器，二百五十个冰袋及五公斤棉花。在南苏丹这样的一个地方，尤其在荒郊地区，安排注射计划的物流工作――包括运送人员及器材，并保持疫苗冷冻――是一个重大挑战。

「我们正身处一个刚经历完二十年战乱的国家，要应付大型疫症爆发，情况相当困难。」无国界医生在北加扎勒河地区的紧急救援队主管Mego Terzian医生解释说。「有些地方没办法去到，因为地雷还未清除。虽然有些路是新建的，但其他的都不能用。此外，区内武器氾滥也是一个风险因素，一旦进行疫苗时有事发生，很容易生乱。这些所牵涉的，都很复杂，但我们还能处理。目前我们的最主要障碍，是没有可靠的当地人口资料，及在卫生中心内缺乏受过训练的工作人员。」

除了进行防疫注射，当有流行病爆发时，其他首要工作包括记录新病例、训练工作人员去辨识及治疗脑膜炎，及提供所需的物资，以便处理最严重的个案。

「病人必须在患病的初期接受治疗，所以我们与当地的基本医疗护理单位紧密合作。」无国界医生在加扎勒河地区的紧急救援队医生Sarah Hustache续说：「我们提供的医疗装备内，有氯霉素油剂、其他注射脑炎疫苗所需物资、治疗病徵（如发热及痉挛）及其他疾病的药物。严重的个案会转介到无国界医生的医疗中心留医。迅速治疗已令致命脑炎个案减少，显示我们的策略渐见成效。」

在南苏丹，无国界医生有参与脑膜炎病人个案管理的地区上，录得超过一千六百四十二宗病例及一百一十一宗死亡个案。疫苗注射计划展後不足十天，新病例数目经已减少。

除了脑膜炎，霍乱个案亦有上升，尽管当地旱季仍未结束。

在南苏丹首都朱巴，自霍乱治疗中心於三月二日设立至今，已接收了一千二百四十二名病人。在?莱州的皮博尔，治疗中心於两星期前才开运作，已治疗了七十九名病。

无国界医生在朱巴的紧急救援统筹Carmen de la Piscina说：「我们每星期收到的病例已去到八十宗，随著雨季的来临，我们实在担心霍乱个案数目会显著增加。」