组织自1988年起在香港工作，时值越南船民潮。随后10年，我们与联合国难民署、香港政府和多个志愿组织合作，在深水埗、屯门和望后石的难民营，以及白石、粮船湾、芝麻湾等船民营提供医疗援助。
组织在营内开设门诊服务，提供医疗转介、产前检查、免疫接种，并开展心理支援项目，进行预防艾滋病及其它性病的健康教育，以及推行减少吸毒者共享针筒的计划等。
我们反对香港政府强迫遣返船民的政策，要求现场监察遣返行动。自1994年起，组织以独立监察员的身分，报告遣返行动中任何违反人权的情况。我们继续在营内工作，直至1998年初大部分越南难民和船民被妥善安置或遣返。
2003年，香港爆发严重急性呼吸道综合征（SARS）。组织于疫症高峰期，开设信息教育项目，动员超过100名医护学生及本地医生，在公共屋邨和少数族裔社群发放预防SARS的讯息。
为应对2019冠状病毒病（COVID-19），无国界医生一支紧急医疗队于今年一月底抵达香港展开新项目，与社区内的脆弱人群，如街道清洁工、难民、寻求庇护者、老年人和视障人士等，进行多场有关健康教育和精神健康的面对面对谈，与他们分享最新的实证医疗资讯，同时聆听和解答他们的疑问。此外，无国界医生亦向香港圣约翰救护机构捐赠了一吨个人防护装备，让医护人员可以在安全的情况下工作。
