二零零八年，苏丹继续受到两个主要的人道危机所折腾──达尔富尔的人道危机和南部数十年内战后的后遗症。

达尔富尔是全球最多人道救援项目的地区，有超过八十个组织及一万五千名救援人员，当中包括二千名无国界医生的员工，为当地三分之一因冲突而流离失所的居民提供援助。纵然有国际间的努力，但达尔富尔的危机已经持续了五年，仍有数以十万计的居民未能获得援助。由于战线不时迁移、武装派系之间不断组成不同的联盟、救援人员成袭击对象，以及政府对人道援助施加愈来愈大的限制，数以千计身处危困的人，随时失去援助。根据联合国资料，今年于达尔富尔共有十一名救援人员被杀，一百八十九人被掳。无国界医生亦是被袭击及抢掠的受害者之一。

虽然公共健康指标得到改善，但悲哀的是，达尔富尔于二零零八年，安全情况显著转坏。二月，西达尔富尔北部走廊地区发生残暴袭击，包括炸弹、直升机及地面部队的攻击，勾起居民过去冲突的痛苦回忆。村落被焚毁或弃置，五万人受到影响。

很多达尔富尔的平民，去到大型的国内流离失所者营地寻求庇护，但只有少数营地是安全的。在容纳了超过九万人的卡尔马(Kalma)营地，无国界医生一队医疗队，便治疗了六十五名因营内打斗而受到枪伤的病人，当中超过一半是妇女及儿童。政府部队和叛军整年的冲突，亦令数以千计的流离失所者未能获得援助。

至于在南苏丹，据联合国估计，经过二十年内战后，约有一百二十万名居民重返家园，但昔日聚居的地区几乎没有任何公共设施、公共服务及医疗设施。而且，和平协议虽已经签定，但区内的局势仍然十分紧张。于二零零八年二月，在城镇阿卜耶伊（Abyei）发生严重的暴力袭击后，数以千计的居民逃到扎勒河省（Bahr-el-Ghazal）北部，约一万人逃往丛林间躲避。于五月，阿卜耶伊因冲突而受到破坏，再有六万人被迫逃离家园。冲突过后，无国界医生为一百四十名外伤病人提供治疗，营养治疗项目则为三百名五岁以下的儿童提供治疗。于十二月，新一轮的冲突引发更多居民逃离家园。

于二零零八年，无国界医生派出一千五名前线员工到南藓丹为区内居民提供医疗服务。除了持续不断的暴力袭击和广泛的营养不良问题，当地妇女的死亡率仍是全球最高。结核病和黑热病仍然困扰当地的居民。脑膜炎、麻疹、霍乱及疟疾的大规模爆发经常发生。尽管如此，当地明显缺乏人道援助，部分主要捐助机构更将捐款转到其它地区，人道组织亦缺乏资源，在当地工作的人道组织数目因而持续减少。由于当地的人口普查结果尚未公布，二零零九年的大选可能因而延迟，当地可能再次触发暴力冲突。