无国界医生荷兰分部和法国分部在二零零九年三月被逐离苏丹北部之後，无国界医生继续在达尔富尔的五个地区提供援助。

在达尔富尔北部，无国界医生的救援队伍正在尚吉多巴亚（Shangil Tobaya）和卡古卢（Kaguro）工作。在距离埃尔法舍尔（El Fasher）六十五公里的尚吉多巴亚，无国界医生提供基本和二级医疗护理，包括生殖健康护理、营养治疗，和疗理冲突中的受害者。卡古卢位於杰贝斯（Jebel Si），是叛军的地区，无国界医生在那里周围设有一个诊所和五个医疗站。无国界医生在诊所提供住院和门诊服务、产前护理、营养支援和防疫工作。医疗站则提供门诊和产前护理。

在达尔富尔西部的色尼亚（Seleia），无国界医生开设了数间医疗中心和流动医疗站，为该区数千人提供医疗服务。在杰贝勒迈拉（Jebel Marra）的古卢（Golo），无国界医生於城镇医院工作，为住院和门诊病人提供基本和二级医疗护理、妇产服务和营养治疗。在基利附近，无国界医生在城镇医疗中心提供基本医疗，包括一间小型急症室，以及一个门诊的营养治疗计划，该处属於叛军控制的地区。

由於被苏丹政府驱逐，无国界医生已没有在达尔富尔南部进行任何工作。二零零九年三月，凯卜卡比耶（Kebkabyia）发生了数次安全不稳事件，在塞里奥华（Serif Umra）则有五名无国界医生员工被掳，令无国界医生被迫在四月初关闭位於达尔富尔北部这两个地点的项目。因为一次严重的安全不?事件，达尔富尔北部泰维勒莱（Tawila）的工作亦自去年十二月被暂停。

在苏丹北部的其他地方，无国界医生在红海省的苏丹港进行了一个生殖健康护理项目，此项目特别将重点放在曾进行割礼的怀孕妇女。在红海省，估计有百分之九十七点六的妇女曾进行割礼，导致很多妇女日後产生严重的後遗症。在分娩期间，妇女要割开阴部或解开缝上阴部的线，才能生产。诞下婴儿後，通常会重新将妇女的阴部缝上。不过，无国界医生在苏丹港的达古顿医院工作，则对割礼采取「零容忍」的手法，亦不会在孕妇分娩後替她们重新缝上阴部。无国界医生在苏丹港工作的其中一个重点，就是透过在社区培训家访人员，以及在达古顿医院进行辅导和教育，来进行基本健康教育和提升公众对割礼有可能造成的後遗症的认知。