当索马里的暴力冲突升级至过去十五年最坏水平，作为全球其中之一个最具挑战和情况严峻的人道危机，外界给予的救援或关注，却似乎正在减少。埃塞俄比亚军和索马里过渡联邦政府军在美国和欧盟等国际伙伴支持下，与多个武装派系爆发冲突， 当中包括伊斯兰法院联盟的残余部分。战火造成的平民伤亡数目至今未明，但就导致数以十万计人逃离首都摩加迪沙。

二零零七年，无国界医生在摩加迪沙不同地点增加工作，并在阿夫戈耶（Afgooye）开设紧急救援项目。阿夫戈耶位于首都外围，约二十万名正在避难的流离失所者，栖身在极度恶劣的环境下，只有很少的粮食、食水和栖身之所。留在摩加迪沙的，大部分栖身在临时搭建的营地，以破布和塑料帆布作帐篷，并面对随时受暴力袭击的威胁。

索马里长达十六年的战乱，令该国一些健康卫生指标，达致全球最差水平，当地人均寿命仅得四十七岁，只有很少国际援助机构能够在该国独立、有效地进行救援项目。
 
无国界医生自一九九一年开始在索马里工作，于二零零七年增加其救援工作，该国南部及中部十一个地区里，无国界医生在其中十个地区，都设有项目。尽管如此，在很多地方，尤其是摩加迪沙一带，基于安全问题，无国界医生未能接触更多病人，情况极为困难。今年八月，无国界医生便呼吁冲突中的各方，尊重医疗人员的人身安全，并让平民能够在摩加迪沙一带获得医疗护理。

无国界医生的医院提供的医疗服务由基本医疗和妇产科到外科手术，医生和护士每日治疗患有营养不良、结核病、黑热病和霍乱的病人，以及为战争伤者提供治疗。