组织自1988年起在香港工作,时值越南船民潮。随后10年,我们与联合国难民署、香港政府和多个志愿组织合作,在深水埗、屯门和望后石的难民营,以及白石、粮船湾、芝麻湾等船民营提供医疗援助。
 
组织在营内开设门诊服务,提供医疗转介、产前检查、免疫接种,并开展心理支援项目,进行预防艾滋病及其它性病的健康教育,以及推行减少吸毒者共享针筒的计划等。
 
我们反对香港政府强迫遣返船民的政策,要求现场监察遣返行动。自1994年起,组织以独立监察员的身分,报告遣返行动中任何违反人权的情况。我们继续在营内工作,直至1998年初大部分越南难民和船民被妥善安置或遣返。
 
2003年,香港爆发严重急性呼吸道综合征(SARS)。组织于疫症高峰期,开设信息教育项目,动员超过100名医护学生及本地医生,在公共屋邨和少数族裔社群发放预防SARS的讯息。
 
为应对2019冠状病毒病(COVID-19),无国界医生一支紧急医疗队于今年一月底抵达香港展开新项目,与社区内的脆弱人群,如街道清洁工、难民、寻求庇护者、老年人和视障人士等,进行多场有关健康教育和精神健康的面对面对谈,与他们分享最新的实证医疗资讯,同时聆听和解答他们的疑问。此外,无国界医生亦向香港圣约翰救护机构捐赠了一吨个人防护装备,让医护人员可以在安全的情况下工作。